Pek çok organizmanın paylaştığı temel biyokimyayı inceleyerek, yaşam ağacının köküne yakın yerlerdeki biyokimyasal sistemlerin nasıl evrildiklerine dair parçaları birleştirmeye başlayabiliriz. Bununla birlikte, biyologlar 1980'lere dek “yumurta mı tavuktan, tavuk mu yumurtadan çıkar?” türü bir problemde takılıp kalmışlardı: günümüzde yaşayan bütün canlılarda nükleik asitler (DNA ve RNA) proteinleri yapmak için gereklidir ve proteinler de nükleik asitleri yapmak için gereklidir. Bu durumda önce hangisi ortaya çıktı, nükleik asit mi protein mi? Bu problem RNA'nın yeni bir özelliğinin keşfiyle çözüldü: bazı RNA çeşitleri kimyasal tepkimeleri katalizleyebiliyordu – bu da RNA'nın hem kalıtsal bilgiyi saklayabileceği hem de kendisini kopyalamasını sağlayacak kimyasal tepkimeleri gerçekleştirebileceği anlamına geliyordu. Yumurta ve tavuk problemi şimdilik bu yeni bilgiler sayesinde çözülmüş oldu: nükleik asitler (özellikle RNA) önce ortaya çıkmıştı, daha sonraları
ise yaşam DNA tabanlı kalıtıma dönüşmüştü Önemli biyokimyasal kanıtlardan bir başkası da, şaşırtıcı derecede yaygın moleküllerdir.
Tahmin edebileceğiniz gibi kendi vücudunuzdaki hücrelerde, bir mantarın hücrelerinde ve bir bakteri hücresinde gerçekleşen kimyasal tepkimelerin pek çoğu birbirinden oldukça farklıdır. Buna rağmen, farklı türde hücrelerde gerçekleşen bazı pek çok tepkime de, birbirinin
tamamen aynısıdır ve tıpatıp aynı molekülleri kullanırlar. Örneğin hücresel süreçlere güç vermek için enerji açığa çıkaran tepkimeler gibi… Bu işleri yapan moleküller çok yaygın şekilde bulundukları ve yaşam için ciddi bir öneme sahip oldukları için, onların yaşam tarihinin çok erken bir evresinde ortaya çıktıkları düşünülmektedir ve onlara “moleküler
fosiller” takma ismi verilmiştir. Aşağıdaki resimde görülen ATP, yani adenozin trifosfat da böyle bir moleküldür. Hücresel süreçlere güç sağlamak için vazgeçilmez ve günümüzde her canlı tarafından kullanılıyor. ATP'nin ve diğer moleküler fosil incelenmesi şaşırtıcı bir
benzerliği ortaya çıkardı: pek çok moleküler fosil, aşağıdaki resimde görülebileceği üzere, nükleik asitlerle yakından ilişkilidir.