Soyoluş ağacı evrimsel ilişkilerle ilgili bir hipotez olduğundan, bu ağacı oluştururken ortak atayı tanımlayan güvenilir karakterler kullanmak isteriz. Bu amaçla kökendeş karakterleri kullanıyoruz. Kökendeş karakterler farklı canlılarda birbirine benzer çünkü onlara bu
karakteri aktaran ortak ata da karakterin bir benzerine sahiptir. Kökendeş karaktere bir örnek dörtayaklılarda bulunan dört üyedir. Kuşların, yarasaların, farelerin ve timsahların tamamının
dört üyesi vardır. Köpekbalıkları ve kemikli balıkların ise yoktur. Bu dört üye, dörtayaklıların ortak atasında evrilmiş ve onların torunlarına bu özellik aktarılmıştır. Yani dört üyenin varlığı bir kökendeşliktir. Bununla birlikte, tüm karakterler kökendeş değildir. Örneğin fareler ve timsahların kanatları yokken hem kuşların hem de yarasaların kanatları vardır. Peki bu durum, kuşlar ve yarasaların, fareler ve timsahlara göre birbirleriyle daha yakın akraba olduğunu mu gösterir? Hayır. Kuşların ve yarasaların kanatlarını daha yakından incelediğimizde, görürüz ki bu
organların aralarında önemli bazı temel farklılıklar var.