Yapılması gereken ilk şey Tübitak'ın yeniden yapılandırılması ve içindeki haşaratların temizlenmesidir.
Akp iktidarında ilk değişiklikler 2003 yılından itibaren sessizce Tübitak'a yapılmıştır. Tübitak aradan geçen zaman içinde Ergenekondan balyoza 17-25 e kadar pek çok kez kurtarıcıları olmuştur.